百花山国家级自然保护区地处北京西部，位于北京市门头沟区清水镇境内，2008年经国务院批准在北京百花山自然保护区基础上晋升为国家级自然保护区。

保护区是以保护暖温带华北石质山地次生落叶阔叶林生态系统为主的自然保护区，总面积为21743.1公顷。

保护区在地质构造上位于华北陆台中部的燕山沉降带，其中北部属于北京北山隆起构造区的青白穹窿区，南部属于北京西山凹陷构造区的西山褶皱隆起区。

百花山国家级自然保护区属于森林生态系统保护类型，主要保护对象为温带次生林。

百花山的风景资源分为百花山主峰景区、百花草甸景区、望海楼景区、百草畔景区四大景区。

保护区大部分区域海拔在750-2200米之间。最高峰为东灵山，海拔2303米，是北京第一高峰