与自然保护区相比，国家公园的特别之处主要体现在6个“更”，即更“高、大、上”，更“全、新、严”。更高，指的是国家代表性强，大部分区域处于自然生态系统的顶级状态，生态重要程度高、景观价值高、管理层级高。更大，指的是面积更大、景观尺度大，恢弘大气。上，指的是更上档次，自上而下设立，统领自然保护地，代表国家名片，彰显中华形象。更全，指的是生态系统类型、功能齐全，生态过程完整，食物链完整。更新，指的是新的自然保护地形式、新的自然保护体制、新的生态保护理念。国家公园在国际上已经有100多年历史，但在中国出现才10多年，还是新鲜事物，具有鲜明的中国特色。更严，指的是国家公园实行最严格保护、更规范的管理。

与国家公园相比，自然保护区也有鲜明的特点，主要体现为4个“更”——更早、更多、更广、更难。更早，指的是成立最早。更多，指的是数量最多，目前全国各级各类自然保护区数量达2750处，而国家公园试点区才有10处。更广，指的是分布范围广，遍布全国各地，包括陆地和海洋等各种类型。更难，指的是管理难度大，历史遗留问题多，特别是自然保护与社区发展矛盾突出，需要被重点关注。

此外，国家公园与自然保护区还有十个方面的具体区别：

一是设立程序不同。国家公园系自上而下，由国家批准设立并主导管理；自然保护区则自下而上申报，根据级别分别由县、市、省、国家批准设立并分级管理。

二是层级不同。国家公园管理层级最高，不分级别，由中央直接行使自然资源资产所有权；自然保护区分为国家级、省级、县级，以地方管理为主。

三是类型不同。国家公园是一个或多个生态系统的综合，突破行政区划界线，强调完整性和原真性，力图形成山水林田湖草生命共同体后进行整体保护、系统修复；自然保护区根据保护对象分为自然生态系统、野生生物、自然遗迹三大类，以及森林、草原、荒漠、海洋等九个类别。

四是国家代表性程度不同。国家公园是国家名片，具有全球和国家意义，如大熊猫、三江源、武夷山等国家公园试点区，以及珠峰、秦岭、张家界等国家公园候选区，有的是世界自然文化遗产地，有的是名山大川和典型地理单元代表；自然保护区不强求具有国家代表性，只要是重要的生物多样性富集区域、物种重要栖息地，或其他分布有保护对象并具有保护价值的区域，均可成为自然保护区。

五是面积规模不同。国家公园数量少但范围大，一般不少于100平方公里，大的超过10万平方公里；自然保护区数量多，面积大小不一，有的很大，有的甚至就是一颗古树、一片树林或者一个物种的栖息范围。