马鞍山、安庆等地环境保护、水利等部门对市级饮用水水源地内违法项目排查“走过场”，整改“留尾巴”，多处饮用水水源保护区内仍存在码头等设施；东至县对园区河沟水质超标问题整改放松要求，明知地下水污染是导致水质超标的重要原因，需持续治理，仍于2018年7月上报销号。
马鞍山市慈湖高新区黑臭水体整治推进缓慢，园区通向长江一级支流慈湖河的两条主要排涝沟渠尖担沟和昭明沟水污染问题依然突出；淮南市黑臭水体整治工作严重滞后，截至“回头看”时，全市6条黑臭水体无一完成整治；阜阳、滁州等地生活垃圾污染严重，长期将渗滤液违规运至污水处理厂处理，阜阳市部分填埋区将属于危险废物的生活垃圾焚烧飞灰与生活垃圾混合填埋，存在严重环境隐患；滁州市定远县生活垃圾焚烧发电项目配套渗滤液处理设施无法正常运行，环境风险突出。
三是表面整改问题多见。
一些地方和部门落实整改不严不实，验收销号流于形式，整改工作未落到实处。芜湖市及无为县对境内铜陵淡水豚国家级自然保护区排查清理不彻底，仅对第一轮督察指出的违建项目进行取缔，而对侵占保护区核心区、缓冲区约1000亩的五洲农业生态园没有清理；督察还发现，缓冲区无为县境内长江夹江凤凰颈段建成过江水泥路，阻断豚类游动，无为县一直未进行清理整治。省住房和城乡建设部门、淮南市以及寿县未按要求严厉查处八公山风景名胜区违法风电项目，反而纵容放任违法行为。
滁州市凤阳县头痛医头、脚痛医脚，仅对第一轮督察期间群众投诉提到的武店镇周边石英砂矿山开采、水泥企业、石灰窑和石料加工企业进行整治，对同在该区域的大量非法石英砂加工企业则视而不见。督察发现，该区域内存在273家石英砂加工企业，其中172家违规建设，长期违法生产。
四是假装整改依然存在。
芜湖、亳州一些地方不在整改中下功夫，而是通过弄虚作假等手段，隐瞒问题。芜湖经济技术开发区弄虚作假，于2017年8月上报称群众举报的芜湖市华诚混凝土公司西南侧池塘内有倾倒填埋的飞灰炉渣等工业固体废物信访件已整改完成，实际直到2018年8月才启动整改工作。为应对督察，甚至在督察人员进驻前直接对填埋场覆土掩埋，性质恶劣。
亳州市谯城区少数领导干部与企业串通一气，弄虚作假，不仅未对群众投诉问题认真排查，也未落实“对亳州市亚珠碳素有限公司及周边地区金刚石企业开展明查暗访”的相关承诺。督察人员随机抽查8家人造金刚石生产企业，均存在废水废气直排、非法处置危险废物等严重环境违法问题。为应对督察，谯城区少数领导干部甚至与企业串通一气，通过微信群向企业通风报信，并直接指使、授意企业采取伪造危险废物处置合同、冲洗被污染的雨水沟、临时停产等方式敷衍应付，性质恶劣。
